makefile

FC = gfortran
FCFLAGS = -ffree-line-length-none -fimplicit-none -fcheck=all -fmax-errors=0 -std=f95 -Wall -Werror -pedantic-errors

PROGRAMS = Fepcat Qfep FepMovie Fep2D Fep AveGeom

all: $(PROGRAMS)

StatisticalFunctions.o:     StatisticalFunctions.f90
Output.o:                   Output.f90
FileIO.o:                   FileIO.f90
Matrix.o:                   Matrix.f90
ArrayUtil.o:                ArrayUtil.f90
Log.o:                      FileIO.f90
DCDHeader.o:                DCDHeader.f90
InternalCoords.o:           InternalCoords.f90
InputCollectiveVariables.o: InputCollectiveVariables.f90 FileIO.o 
MovieOptions.o:             MovieOptions.f90    FileIO.o Log.o
Movies.o:                   Movies.f90          FileIO.o Output.o MovieOptions.o
DCDFiles.o:                 DCDFiles.f90        DCDHeader.o
Input.o:                    Input.f90           FileIO.o Log.o DCDFiles.o
Data.o:                     Data.f90            Input.o InputCollectiveVariables.o Matrix.o StatisticalFunctions.o InternalCoords.o
FepMovie.o:                 FepMovie.f90        Util.o Data.o Movies.o MovieOptions.o Log.o
Util.o:                     Util.f90            Log.f90 Input.o Data.o
AveGeom.o:                  AveGeom.f90         Util.o Input.o Output.o FileIO.o
Fep.o:                      Fep.f90             Util.o Data.o Log.o Analysis.o FileIO.o
Analysis.o:                 Analysis.f90        Output.o StatisticalFunctions.o Input.o Data.o FreeEnergy.o
Fep2D.o:                    Fep2D.f90           Analysis.o Util.o InputCollectiveVariables.o Input.o
FreeEnergy.o:               FreeEnergy.f90      Data.o Input.o StatisticalFunctions.o ArrayUtil.o
Qfep.o:                     Qfep.f90            Data.o StatisticalFunctions.o FileIO.o FreeEnergy.o Util.o
Fepcat.o:                   Fepcat.f90          Data.o Input.o Log.o Analysis.o Util.o

Fepcat:   Fepcat.o Input.o Output.o Data.o FileIO.o Analysis.o StatisticalFunctions.o FreeEnergy.o Log.o ArrayUtil.o Matrix.o DCDHeader.o DCDFiles.o InternalCoords.o Util.o InputCollectiveVariables.o
Qfep:     Qfep.o Data.o Input.o Matrix.o StatisticalFunctions.o InternalCoords.o Fileio.o FreeEnergy.o ArrayUtil.o Log.o DCDFiles.o DCDHeader.o Util.o InputCollectiveVariables.o
FepMovie: FepMovie.o Util.o Data.o Movies.o Log.o Input.o Matrix.o StatisticalFunctions.o InternalCoords.o FileIO.o Output.o DCDFiles.o DCDHeader.o FreeEnergy.o ArrayUtil.o InputCollectiveVariables.o MovieOptions.o
Fep2D:    Fep2D.o Analysis.o Output.o StatisticalFunctions.o Input.o Data.o FreeEnergy.o FileIO.o Log.o DCDFiles.o Matrix.o InternalCoords.o DCDHeader.o ArrayUtil.o Util.o InputCollectiveVariables.o
Fep:      Util.o Data.o Log.o Input.o FileIO.o DCDFiles.o DCDHeader.o InputCollectiveVariables.o Matrix.o StatisticalFunctions.o InternalCoords.o Analysis.o Output.o FreeEnergy.o ArrayUtil.o
AveGeom:  Util.o Log.o Input.o Data.o FileIO.o DCDFiles.o DCDHeader.o InputCollectiveVariables.o Matrix.o InternalCoords.o Output.o

%: %.o
	$(FC) $(FCFLAGS) -o $@ $^ $(LDFLAGS)

%.o: %.f90*
	$(FC) $(FCFLAGS) -c $<

clean:
	rm -f *.o *.mod *.MOD

install:
	mv Fepcat ../bin
	mv Qfep ../bin