diff --git a/misc_analyses/convert_new_seqs_to_old_format/convert_new_seqs_to_old_format.Rmd b/misc_analyses/convert_new_seqs_to_old_format/convert_new_seqs_to_old_format.Rmd new file mode 100644 index 0000000..ddec813 --- /dev/null +++ b/misc_analyses/convert_new_seqs_to_old_format/convert_new_seqs_to_old_format.Rmd @@ -0,0 +1,73 @@ + + + +```{r} +library(tidyverse) +library(readxl) +library(metacoder) +``` + +Martha sent us this data (email "RPS10 database" on sep 6, 2022) and Ricardo needs it in the format for the old database. + + +## Read in input data + +Data from Martha: + +```{r} +raw_data <- read_xlsx('rps10database_updates_july22_mas.xlsx') +``` + +The first version of the database: + +```{r} +old_seqs <- read_fasta('../../data/releases/release_1.fa') +old_data <- map_dfr(names(old_seqs), function(header) { + parts <- strsplit(header, split = '|', fixed = TRUE)[[1]] + parts <- strsplit(parts, split = '=', fixed = TRUE) + map_dfc(parts, function(p) tibble(!!p[1] := p[2])) +}) +``` + +add column for genus + +```{r} +raw_data$genus <- str_match(raw_data$name, "^([^ ]+) ")[, 2] +old_data$genus <- str_match(old_data$name, "^([^_]+)_")[, 2] +``` + +check that all genera are in the old database so that we can use their taxonomy: + +```{r} +stopifnot(all(raw_data$genus %in% old_data$genus)) +``` + +Get below-genus taxonomy from old format: + +```{r} +parts <- old_data$taxonomy[!duplicated(old_data$genus)] %>% + str_match(pattern = '(.+;.+;.+;.+;.+;.+);(.[^_]+)') +tax_key <- setNames(parts[,2], parts[,3]) +``` + +Apply taxonomy to new data + +```{r} +raw_data$taxonomy <- paste0(tax_key[raw_data$genus], ';', raw_data$name) %>% + gsub(pattern = ' ', replacement = '_') +``` + +make fasta file output + +```{r} +raw_data <- mutate(raw_data, header = paste0('name=', gsub(name, pattern = ' ', replacement = '_'), + '|strain=', "na", + '|ncbi_acc=', "na", + '|ncbi_taxid=', "na", + '|oodb_id=', 9000 + seq_len(nrow(raw_data)), + '|taxonomy=', taxonomy)) +paste0('>', raw_data$header, '\n', raw_data$sequence) %>% + write_lines(file = 'new_seqs_formatted.fasta') +``` + + diff --git a/misc_analyses/convert_new_seqs_to_old_format/new_seqs_formatted.fasta b/misc_analyses/convert_new_seqs_to_old_format/new_seqs_formatted.fasta new file mode 100644 index 0000000..2f69292 --- /dev/null +++ b/misc_analyses/convert_new_seqs_to_old_format/new_seqs_formatted.fasta @@ -0,0 +1,786 @@ +>name=Hyaloperonospora_arabis_alpinae_Arabis_alpina_2697|strain=na|ncbi_acc=na|ncbi_taxid=na|oodb_id=9001|taxonomy=cellular_organisms;Eukaryota;Stramenopiles;Oomycetes;Peronosporales;Peronosporaceae;Hyaloperonospora_arabis_alpinae_Arabis_alpina_2697 +TAAAAGACTGAAAATCTTTGTGTCGGTGGTTCAAATCCACCTTCAGACAACTTCTAAAATATGTATCTTTTAAGATTAACTTTTCAATCTTTTCAAAAAATCAATCAACTTAAACAAAAATTACAGATATTAAAAAACTATAAAAAATTAAAAAATATTAAGATATCTGGTATTTTTCAAATTAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTACTTTATTAAAATCACCACATGTAAATAAAAAATCACGTGAACATTTTATTTATACCAAATATTCACCAAAAATAGAAATAGATTTTAAAAATATTTTTCTATTATTAAATTTTTTAATTTTAATAAAAAAATATTTATCTGAAAATTTATTAATTAATTATAAAATTATAAAAAAAAAGTAAAAATATGCTTATAGCTTAATTGGATAAAGCATTAGATTGCGAATCTATAAAATGAAAGTTCAAATCTTTCTAAGCATAAACGTTATTTATTTTGAAGTATAGCCAAGTGGTAAGGCCTCCGTTTTTGGTACGGAAAATCAAAGGTTCGAATCCTTTTACTTCAAATGGACCTATAACTCAGTTGGT +>name=Hyaloperonospora_cardamines_enneaphyllos_Cardamine_enneaphyllos_2929|strain=na|ncbi_acc=na|ncbi_taxid=na|oodb_id=9002|taxonomy=cellular_organisms;Eukaryota;Stramenopiles;Oomycetes;Peronosporales;Peronosporaceae;Hyaloperonospora_cardamines_enneaphyllos_Cardamine_enneaphyllos_2929 +TAAAAGACTGAAAATCTTTGTGTCGGTGGTTCGAATCCACCTTCAGACAATTTATTAAAATCAACTATGTATTTATTAAGAATAACTTTTCAATCTTTTCAAAAAATCAATCAACTTAAAAAAAAATTAATAATATTAAAAAAAAGTTATAAAATAAACAATATACTTGGATTATTTCAAGTTAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTACTTTATTAAAATCTCCACATGTAAATAAAAAATCACGTGAACATTTTATTTATAGTAAATATTTACCTAAAATAGAAATAAAATTTAAAACTGTTTTTCAATTATTAAATTTTTTAATTATAATTAAAAAATTTTTTTCCGAAAATTTATTACTTAATATTAAAATTATAAAAAAAAATTAAAATGATGCTTATAGCTTAATTGGATAAAGCTTTAGATTGCGAATCTATATAATGAAAGTTCGAATCTTTCTAAGCATATATGATTTTATTTATTTTGAAGTATAGCCAAGCGGTAAGGCCTCCGTTTTTGGTACGGAAAATCAAAGGTTCGAATCCTTTTACTTCAAAAGGGCCTATAACTCAGTTGGT +>name=Hyaloperonospora_dentariae_Cardamine_heptaphylla_2927|strain=na|ncbi_acc=na|ncbi_taxid=na|oodb_id=9003|taxonomy=cellular_organisms;Eukaryota;Stramenopiles;Oomycetes;Peronosporales;Peronosporaceae;Hyaloperonospora_dentariae_Cardamine_heptaphylla_2927 +TAAAAGACTGAAAATCTTTGTGTCGGTGGTTCAAATCCACCTTCAGACAAATCATCCAAATATATGTATCTTTTAAGAATCACTTTTCAATCTTTTCAAAAAATAAATCAACTTAAACAAAAAATAATTTTATTAAAAAAACGTCATAAACTAAAAAATATAAGAATTTCTGGATTATTTCAAATTAAACAAAAAAAGAAAATTTTTACTTTGTTAAAATCTCCGCATGTAAATAAAAAATCACGAGAACATTTTATTTATAAAAAATATTTACCTAAAATCGAAATAAAATTTTATAATTTTTTAAAATTGATAAATTTTTTAATTTTAATAAAAAAATCATTCTCAGAAAATTTACTAATAACTACTAAAATTATAAAAAAAAATTAAAAGTATGCTTATAGCTTAATTGGATAAAGCCTTAGATTGCGAATCTATCGAATGAAAGTTCAAATCTTTCTAAGCATATTTTTACTTTGAAGTATAGCCAAGTGGTAAGGCCTCCGTTTTTGGTACGGAAAATCAAAGGTTCGAATCCTTTTACTTCAAAAGGGCCTATAACTCAGTTGGT +>name=Hyaloperonospora_dentariae_Cardamine_heptaphylla_2928|strain=na|ncbi_acc=na|ncbi_taxid=na|oodb_id=9004|taxonomy=cellular_organisms;Eukaryota;Stramenopiles;Oomycetes;Peronosporales;Peronosporaceae;Hyaloperonospora_dentariae_Cardamine_heptaphylla_2928 +TAAAAGACTGAAAATCTTTGTGTCGGTGGTTCAAATCCACCTTCAGACAAATCATCCAAATATATGTATCTTTTAAGAATCACTTTTCAATCTTTTCAAAAAATAAATCAACTTAAACAAAAAATAATTTTATTAAAAAAACGTCATAAACTAAAAAATATAAGAATTTCTGGATTATTTCAAATTAAACAAAAAAAGAAAATTTTTACTTTGTTAAAATCTCCGCATGTAAATAAAAAATCACGAGAACATTTTATTTATAAAAAATATTTACCTAAAATTGAAATAAAATTTTATAATTTTTTAAAATTGATAAATTTTTTAATTTTAATAAAAAAATCATTCTCAGAAAATTTACTAATAACTACTAAAATTATAAAAAAAAATTAAAAGTATGCTTATAGCTTAATTGGATAAAGCCTTAGATTGCGAATCTATCGAATGAAAGTTCAAATCTTTCTAAGCATATTTTTACTTTGAAGTATAGCCAAGTGGTAAGGCCTCCGTTTTTGGTACGGAAAATCAAAGGTTCGAATCCTTTTACTTCAAAAGGGCCTATAACTCAGTTGGT +>name=Hyaloperonospora_dentariae_Cardamine_heptaphylla_2930|strain=na|ncbi_acc=na|ncbi_taxid=na|oodb_id=9005|taxonomy=cellular_organisms;Eukaryota;Stramenopiles;Oomycetes;Peronosporales;Peronosporaceae;Hyaloperonospora_dentariae_Cardamine_heptaphylla_2930 +TAAAAGACTGAAAATCTTTGTGTCGGTGGTTCAAATCCACCTTCAGACAAATCATCCAAATATATGTATCTTTTAAGAATCACTTTTCAATCTTTTCAAAAAATAAATCAACTTAAACAAAAAATAATTTTATTAAAAAAACGTCATAAACTAAAAAATATAAGAATTTCTGGATTATTTCAAATTAAACAAAAAAAGAAAATTTTTACTTTGTTAAAATCTCCGCATGTAAATAAAAAATCACGAGAACATTTTATTTATAAAAAATATTTACCTAAAATTGAAATAAAATTTTATAATTTTTTAAAATTGATAAATTTTTTAATTTTAATAAAAAAATCATTCTCAGAAAATTTACTAATAACTACTAAAATTATAAAAAAAAATTAAAAGTATGCTTATAGCTTAATTGGATAAAGCCTTAGATTGCGAATCTATCGAATGAAAGTTCAAATCTTTCTAAGCATATTTTTACTTTGAAGTATAGCCAAGTGGTAAGGCCTCCGTTTTTGGTACGGAAAATCAAAGGTTCGAATCCTTTTACTTCAAAAGGGCCTATAACTCAGTTGGT +>name=Hyaloperonospora_dentariae_Cardamine_heptaphylla_2932|strain=na|ncbi_acc=na|ncbi_taxid=na|oodb_id=9006|taxonomy=cellular_organisms;Eukaryota;Stramenopiles;Oomycetes;Peronosporales;Peronosporaceae;Hyaloperonospora_dentariae_Cardamine_heptaphylla_2932 +TAAAAGACTGAAAATCTTTGTGTCGGTGGTTCAAATCCACCTTCAGACAAATCATCCAAATATATGTATCTTTTAAGAATCACTTTTCAATCTTTTCAAAAAATAAATCAACTTAAACAAAAAATAATTTTATTAAAAAAACGTCATAAACTAAAAAATATAAGAATTTCTGGATTATTTCAAATTAAACAAAAAAAGAAAATTTTTACTTTGTTAAAATCTCCGCATGTAAATAAAAAATCACGAGAACATTTTATTTATAAAAAATATTTACCTAAAATCGAAATAAAATTTTATAATTTTTTAAAATTGATAAATTTTTTAATTTTAATAAAAAAATCATTCTCAGAAAATTTACTAATAACTACTAAAATTATAAAAAAAAATTAAAAGTATGCTTATAGCTTAATTGGATAAAGCCTTAGATTGCGAATCTATCGAATGAAAGTTCAAATCTTTCTAAGCATATTTTTACTTTGAAGTATAGCCAAGTGGTAAGGCCTCCGTTTTTGGTACGGAAAATCAAAGGTTCGAATCCTTTTACTTCAAAAGGGCCTATAACTCAGTTGGT +>name=Hyaloperonospora_dentariae_Cardamine_heptaphylla_2935|strain=na|ncbi_acc=na|ncbi_taxid=na|oodb_id=9007|taxonomy=cellular_organisms;Eukaryota;Stramenopiles;Oomycetes;Peronosporales;Peronosporaceae;Hyaloperonospora_dentariae_Cardamine_heptaphylla_2935 +TAAAAGACTGAAAATCTTTGTGTCGGTGGTTCAAATCCACCTTCAGACAAATCATCCAAATATATGTATCTTTTAAGAATCACTTTTCAATCTTTTCAAAAAATAAATCAACTTAAACAAAAAATAATTTTATTAAAAAAACGTCATAAACTAAAAAATATAAGAATTTCTGGATTATTTCAAATTAAACAAAAAAAGAAAATTTTTACTTTGTTAAAATCTCCGCATGTAAATAAAAAATCACGAGAACATTTTATTTATAAAAAATATTTACCTAAAATCGAAATAAAATTTTATAATTTTTTAAAATTGATAAATTTTTTAATTTTAATAAAAAAATCATTCTCAGAAAATTTACTAATAACTACTAAAATTATAAAAAAAAATTAAAAGTATGCTTATAGCTTAATTGGATAAAGCCTTAGATTGCGAATCTATCGAATGAAAGTTCAAATCTTTCTAAGCATATTTTTACTTTGAAGTATAGCCAAGTGGTAAGGCCTCCGTTTTTGGTACGGAAAATCAAAGGTTCGAATCCTTTTACTTCAAAAGGGCCTATAACTCAGTTGGT +>name=Hyaloperonospora_dentariae_Cardamine_heptaphylla_2941|strain=na|ncbi_acc=na|ncbi_taxid=na|oodb_id=9008|taxonomy=cellular_organisms;Eukaryota;Stramenopiles;Oomycetes;Peronosporales;Peronosporaceae;Hyaloperonospora_dentariae_Cardamine_heptaphylla_2941 +TAAAAGACTGAAAATCTTTGTGTCGGTGGTTCAAATCCACCTTCAGACAAATCATCCAAATATATGTATCTTTTAAGAATCACTTTTCAATCTTTTCAAAAAATAAATCAACTTAAACAAAAAATAATTTTATTAAAAAAACGTCATAAACTAAAAAATATAAGAATTTCTGGATTATTTCAAATTAAACAAAAAAAGAAAATTTTTACTTTGTTAAAATCTCCGCATGTAAATAAAAAATCACGAGAACATTTTATTTATAAAAAATATTTACCTAAAATCGAAATAAAATTTTATAATTTTTTAAAATTGATAAATTTTTTAATTTTAATAAAAAAATCATTCTCAGAAAATTTACTAATAACTACTAAAATTATAAAAAAAAATTAAAAGTATGCTTATAGCTTAATTGGATAAAGCCTTAGATTGCGAATCTATCGAATGAAAGTTCAAATCTTTCTAAGCATATTTTTACTTTGAAGTATAGCCAAGTGGTAAGGCCTCCGTTTTTGGTACGGAAAATCAAAGGTTCGAATCCTTTTACTTCAAAAGGGCCTATAACTCAGTTGGT +>name=Hyaloperonospora_dentariae_Cardamine_pentaphyllos_2933|strain=na|ncbi_acc=na|ncbi_taxid=na|oodb_id=9009|taxonomy=cellular_organisms;Eukaryota;Stramenopiles;Oomycetes;Peronosporales;Peronosporaceae;Hyaloperonospora_dentariae_Cardamine_pentaphyllos_2933 +TAAAAGACTGAAAATCTTTGTGTCGGTGGTTCAAATCCACCTTCAGACAAATCATCCAAATATATGTATCTTTTAAGAATTACTTTTCAATCTTTTCAAAAAATAAATCAACTTAAACAAAAAATAATTTTATTAAAAAAACGTCATAAACTAAAAAATATAAGAATTTCTGGATTATTTCAAATTAAACAAAAAAAGAAAATTTTTACTTTGTTAAAATCTCCGCATGTAAATAAAAAATCACGAGAACATTTTATTTATAAAAAATATTTACCTAAAATCGAAATAAAATTTTATAATTTTTTAAAATTGATAAATTTTTTAATTTTGATAAAAAAATCATTCTCAGAAAATTTACTAATAACTACTAAAATTATAAAAAAAAATTAAAAGTATGCTTATAGCTTAATTGGATAAAGCCTTAGATTGCGAATCTATCGAATGAAAGTTCAAATCTTTCTAAGCATATTTTTACTTTGAAGTATAGCCAAGTGGTAAGGCCTCCGTTTTTGGTACGGAAAATCAAAGGTTCGAATCCTTTTACTTCAAAAGGGCCTATAACTCAGTTGGT +>name=Hyaloperonospora_dentariae_Cardamine_pentaphyllos_2944|strain=na|ncbi_acc=na|ncbi_taxid=na|oodb_id=9010|taxonomy=cellular_organisms;Eukaryota;Stramenopiles;Oomycetes;Peronosporales;Peronosporaceae;Hyaloperonospora_dentariae_Cardamine_pentaphyllos_2944 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+TAAAAGACTGAAAATCTTTGTGTCGGTGGTTCAAATCCACCTTCAGACAATTACTGAAATATGTATTTTTTAAGAATAACCTTTCAATCTTTTCAAAAGATAAATCAACTTAAACACAAATTAATATTATTAAAAAAAAGTAATAAATTAAAACATATAAATATCCCTGGAATATTTCAAATTAAAAAAAAAAAAAAAATCTTTACTTTATTAAAATCACCACACGTTAATAAAAAATCACGAGAACATTTTATTTTTGCGAAATATTTACCTAAAATTGAGATAAAATTTAAAAATATTTTTCAATTATTAAATTTTTTAATATTAATTAAAAAATACTTATCTGAAAATTTATTAATAAATGTTAAAATTATAAAAAAAAACTAAAATTATGCTTATAGCTTAATGGATAAAGCCTTAGATTGCGGATCTATAAAATGAAAGTTCGAATCTTTCTAAGCATAAATTTTTATGTATTTTGAAGTATAGCCAAGTGGTAAGGCCTCCGTTTTTGGTACGGAAAATCAAAGGTTCGAATCCTTTTACTTCAAAAGGGCTTATAACTCATTTGGT +>name=Peronospora_aestivalis_Medicago_sativa_2290|strain=na|ncbi_acc=na|ncbi_taxid=na|oodb_id=9012|taxonomy=cellular_organisms;Eukaryota;Stramenopiles;Oomycetes;Peronosporales;Peronosporaceae;Peronospora_aestivalis_Medicago_sativa_2290 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+TAAAAGACTGAAAATCTTTATGTCGGTGGTTCAAATCCACCTTCAGACAATTTCATTATTAAAATATGTATATTTTACGAATAACTTTTAAATCCTTTCAAAAAATAACTCAACTTAAACAAAAATTATTAAAATTAAAAAGATACAATAAATTTAAAAATATTAAAATAAATGGAATATTTCAAATAAAAAATAAAAATAAAATTTTTACTTTACTAAAATCGCCTCATGTAAATAAAAAATCACGTGAACATTTTATTTATAAAAAATATTTACCAAAAATAGATCTTAAATTTAAAAATATATTTCAATTATTTAATTTTTTAATTTTAATTAAAAAATTATTTTCTGAAAATACATTTATAAATATGAAAATTTTAAAAAACAATTAACATTATGCTTATAGCTTAATTGGATAAAGCTTTAGAGTGCGGTTCTAAAAATGAAAGTTCAAATCTTTCTAAGCATACATCTTATTTATTTTGAAGTATAGCCAAGCGGTAAGGCCTCCGTTTTTGGTGCGGAAAATCAAAGGTTCGAATCCTTTTACTTCAAAAGGGCCTATAACTCAGTTGGT +>name=Peronospora_aff._potentillae_Duchesnea_indica_6.4.P.S|strain=na|ncbi_acc=na|ncbi_taxid=na|oodb_id=9015|taxonomy=cellular_organisms;Eukaryota;Stramenopiles;Oomycetes;Peronosporales;Peronosporaceae;Peronospora_aff._potentillae_Duchesnea_indica_6.4.P.S 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->name=Peronospora_tabacina|strain=T1|ncbi_acc=MT198400|ncbi_taxid=230439|oodb_id=99|taxonomy=cellular_organisms;Eukaryota;Stramenopiles;Oomycetes;Peronosporales;Peronosporaceae;Peronospora_tabacina -GTTTGGATAGCTCAGTTGGTTAGAGTAAAAGACTGAAAATCTTTGTGCCGGTGGTTCAAATCCACCTCCAGACAATTTCATTATTAAAACATAAAATATGTATCTTTTAAGAATAACTTTTAAATCATTTCAAAAAATAAATCAACTTAAACAAAAATTAATAAAAATAGTAAAATTAAAAAAATTTAATAAATTAAACAAAAATAAAAAATTAAAAAAATTTAATAAATTAAACAAAATTAAAATAAAAGGAATATTTCAAATAAAAAATAAAAATAAAATTTTTACTTTATTAAAATCACCACATGTAAATAAAAAATCACGTGAACATTTTATTTATAAAAATTTTTTATATAAAATCGATATAGAATTCAACAATATATTTCAATTATTTAATTTTTTAATTTTAATTAAAAAACTTTTTTCAGAAAATTCATTAATGAATATTAAAATTATGCTTATAGCTTAATTGGATAAAGCTTTAGATTGCGGATCTAGAAAATGAAAGTTCGAATCTTTCTAAGCATA ->name=Phytophthora_agathidicida|strain=1CMP17027|ncbi_acc=MT198402|ncbi_taxid=1642459|oodb_id=101|taxonomy=cellular_organisms;Eukaryota;Stramenopiles;Oomycetes;Peronosporales;Peronosporaceae;Phytophthora_agathidicida 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- - - - - - - - -This is the source code for the OomyceteDB website and database.
-This site is a combination of static R Markdown content and dynamic R Shiny applications. For those that want to set up a similar site based on this one, you will need a web server like Apache and an instance of the R Shiny Server running. We also store and manage the raw data on Google Drive for convenience.
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