01a-intro.Rmd

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title: "HPC con R: Parte 1"
author: "George G. Vega Yon"
date: "<img src=\"fig/satrday.svg\" height=\"200px\"><br>12 de Diciembre, 2018"
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## Acerca de

*   Iquiqueño

*   Papá de 2, esposo de 1

*   Quería ser músico, estudié comercial, salté a economía, y ahora estoy
    en bioestadística...
    
*   Programando en R desde el +-2008

*   Ahora, estudiante de doctorado en bioestadística en USC

## Quienes me financian

Computation for the work described in this paper was supported by the University
of Southern California’s Center for High-Performance Computing (hpc.usc.edu).

USC Integrative Methods of Analysis for Genomic Epidemiology (IMAGE)



## Ser o no Ser

![Cuando ir por computación en paralelo](fig/when_to_parallel.svg)

## Computación en paralelo

Taxonomía de Flynn

![Descargado de https://computing.llnl.gov/tutorials/parallel_comp/](fig/flynnsTaxonomy.gif)

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### Computacion serial

R no fue pensado para computación en paralelo

![](fig/pll-computing-explained-serial.svg){style="width:700px"}

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### Computacion en paralelo

Pero existen maneras de contrarrestar esto!

![](fig/pll-computing-explained-parallel.svg){style="width:700px"}

## CPU/Core/Threads

Una consideracion importante es saber distinguir de las partes de tu CPU

![Partes de la CPU (Descargado de https://slurm.schedmd.com/mc_support.html)](fig/cpu-slurm.gif)

¿Cuántos procesadores tengo en mi computador? El paquete `parallel` [@R] nos puede decir:


```{r}
library(parallel)
detectCores()
```


## Que problemas se pueden paralelizar?

Desde el punto de vista de SIMD (Instrucción Única, Múltiples Datos)

*   Simulaciones de Monte Carlo

*   Metodos estadisticos, ej **Bootstrap** (resampleo), **cross-validation**
    (validación cruzada), MCMC, etc.

*   Procesamiento de Datos e.j. 

*   Algunas operaciones matriciales,  (!?)

## Problemas

## Referencias