Integração por Rcpp?

[andrechalom]

Precisamos verificar se é possível e desejável fazer a integração do código CPP diretamente com R usando o pacote Rcpp (ao invés do "extern C" que estamos usando)

[andrechalom]

OK, de uma olhada breve, esse issue se desdobra nas seguintes questões:

Compilação independente de plataforma?

A compilação do código c++ precisa indicar flags para o compilador a respeito de onde o Rcpp está instalado (assim como já estamos indicando o "-fopenmp", mas ainda não encontrei uma forma segura de passar essas informações.

• A recomendação é transformar o TWoLife em uma library.
• Uma alternativa é usar código "inline". Parece mais fácil de atualizar o código se o protótipo da função muda, mas não entendi ainda como fazer pra compilar o paisagem.cpp e o individuo.cpp e "linkar" eles dentro do inline.

Uso de vectors

O c++ tem estruturas muitos melhores do que o c para trabalhar com vetores, por exemplo vector (Já estamos usando um vector de indivíduos, por exemplo, mas podemos passar a usar um vector para tudo o que entra e sai pela interface R, como a paisagem e localização dos indivíduos).

Uso das funções do R

Estamos usando runif e rexp; aparentemente o Rcpp tem uma forma própria de gerenciar essas chamadas de dentro do C++.

• Removemos os headers de "baixo nível" R.h e Rmath.h
• Substituímos a chamada para o Random Number Generator por RNGScope scope; (isso pode ser feito globalmente!)
• As chamadas de função usam a mesma sintaxe que em R: return rnorm(10, 0, 100);
• update: Isso gera um problema de tipos: rnorm retorna um NumericVector ao invés de retornar um double. Estou colocando uma conversão de tipo em cada chamada aleatória, mas talvez seja melhor usar outra forma de acessar o RNG.

Adaptação da chamada R -> C++

Finalmente, precisamos transformar a chamada da função TWoLife para usar SEXP ao invés de doubles, ints, etc. Essa deve ser a parte fácil (:

[piklprado]

Em nossa reunião ainda não tínhamos certeza se o trabalho valeria à pena. Agora que vc tem uma ideia melhor do trampo, tem também se vale tocar adiante?

[andrechalom]

Olha, a vantagem maior de usar Rcpp é que a gente pode usar a Standard Template Library no código inteiro. Isso quer dizer: nada de ficar alocando memória na mão, nada de ficar se preocupando se paisagem[DIM][DIM] pode ser declarado estaticamente, e a gente poderia (teoricamente pq eu ainda n consegui) usar tipos de dados com "sabor de R" no código C, como List. É um ganho considerável, mas envolve repensar um bocado de coisas.

[piklprado]

Na sua avaliação estas vantagens colocariam este enhancement em qual prioridade?

[andrechalom]

Estou marcando essa issue pra reunião presencial. Acho que precisamos discutir as vantagens e desvantagens com o time.

[andrechalom]

Enquanto isso... http://dirk.eddelbuettel.com/blog/2014/07/16/#introducing_rcppparallel

[piklprado]

Ok, um ponto de pauta para a próxima reunião. Quanto tempo de presencial vc estima para batermos o martleo e fecharmos este issue?

[awade2]

Pessoal, estou meio perdido com esse issue. Não entendo o suficiente para dar uma opinião. Sugiro que se possível, na reunião presencial o Chalom faça uma prévia do problema em questão.

1. Não entendi a questão do inline
2. Não entendo as implicações das mudanças no tópico Udo das funções em R.
3. Não entendi o ultimo tópico. Não haverá mais doubles e ints no código?

Estou me perguntando até que ponto vale a pena mudarmos toda a estrutura que criamos até agora. Qual é o ganho real que teremos com essa mudança? Caso, não seja grande, acho melhor reduzir o nível de prioridade deste issue.

[piklprado]

Pra mim na primeira reunião presencial temos que ler o material que o Chalom enviou e pedir a ele que apresente brevemente pros e contras, for dummies.

[awade2]

Existe algum tópico em que agendamos as reuniões? Se não, quando podemos marcar? Por mim qualquer dia vale.

[piklprado]

Quando acumularmos indicações de pressenciais o suficiente para uma tarde chamamos uma reunião, q tal?