Implementação de variação indivídual ou multi-espécies

[awade2]

Precisamos implementar a possibilidade de variação individual nas taxas (indivíduos de mais de um tipo, e.g. machos e fêmeas) ou inclusão de varias espécies para o estudo de dinâmica de comunidades.

Precisaremos pensar em um método para passar as informações de cada tipo de indivíduo ou espécie para o construtor.

[andrechalom]

Salve, gente.

Acho que as duas propostas são bastante diferentes, e podem levar o desenvolvimento da nossa biblioteca pra caminhos bem diferentes.

Uma delas leva a nossa biblioteca mais pro lado de ecologia de comunidades (diversas populações interagindo) - e precisamos pensar bastante em que tipo de interação essas espécies diferentes podem ter.

A segunda leva pra estudos de din. de população com um componente de herdabilidade. Individuos da mesma espécie mas com variação individual em taxas vitais vão levar a processos evolutivos (em alguma escala temporal).

Ainda, precisamos decidir como vai ser feita a reprodução sexuada. Será que só machos "escolhem" se reproduzir? Ou só fêmeas? Eles buscam parceiros potenciais em um raio predefinido?

[awade2]

Acho que para o código base que estamos fazendo, podemos considerar as duas propostas no mesmo issue, pois pelo que entendi a idéia é possibilitar variabilidade nos agentes, por enquanto da maneira mais simples possível. Então, a modificação que faremos seria incluir um identificador de tipo de indivíduo e outro de espécie. Com base nele, o twolife receberá uma lista (tabela) com as taxas referentes a cada tipo de indivíduo ou espécie, para considerar no construtor dos indivíduos iniciais.

Acho que as derivações da estrutura básica ficarão para os desenvolvimentos dos projetos individuais de cada um, não? Se estou entendendo errado por favor me avisem! :P

Por fim, a questão da reprodução sexuada merece um novo issue específico, o que acham?

[piklprado]

Temos um consenso de que ter espécies e tipos de indivíduos em cada espécie são tópicos diferentes? Se sim, criamos um todo pra cada.

[piklprado]

Concordo que reprodução sexuada é um todo distinto, mas que depende dá implementação de tipos interespecíficos

[andrechalom]

OK, acho que não ficou clara a minha pergunta.

A minha questão é: vamos ter indivíduos do mesmo TIPO (seja espécie ou sexo) mas com características diferentes? Podemos ter, p.ex., 20 machos na paisagem sendo que 10 tem maior taxa de mobilidade e 10 menor? Porque se isso Ñ é possível, a gente poderia amarrar as características de cada indivíduo no seu TIPO. Estou pensando se vale a pena criar uma classe TIPO_DE_INDIVIDUO ou algo parecido para controlar as taxas vitais, e o individuo receberia um ponteiro pra qual TIPO_DE_INDIVIDUO ele pertence

[awade2]

Humm, tenho que pensar um pouco. Pensei que essas características dos indivíduos deveria pertencer à classe mundo...

[awade2]

E acho importante ter a possibilidade de indivíduos de um mesmo tipo terem taxas diferentes. Na verdade, isso já seria um tipo de indivíduo diferente, não?

[CamilaMandai]

Demorou, mas aconteceu! Estou no repositório do TWoLife!! Ou pelo menos eu acho que estou...consegui clonar os códigos, pelo menos...
Mas enfim, acho que esse tópico se refere à parte que eu preciso modificar (com urgência!). Sobre todas essas questões de variação dentro de cada tipo, acho que poderíamos ter as duas opções, não? Com variação entre indivíduos de cada tipo ou todo mundo igual em cada tipo. Digo isso porque precisarei dos dois casos. Mas vou dizer o que eu devo precisar para agora.
Preciso sim de variação dentro de cada espécie (ou tipo), e estava pensando em ter isso sorteando valores de uma distribuição. Então para cada tipo eu definiria os parâmetros dessa distribuição e sortearia valores para cada indivíduo. Então para cada parâmetro demográfico de interesse eu teria uma certa distribuição de probabilidades para incluir variação entre indivíduos de um mesmo tipo e entre tipo eu mudaria os parâmetros. Creio que tanto a pdf de cada parâmetro demográfico de interesse, quanto os parâmetros dessas pdfs devam pertencer à classe paisagem, não? Fico só pensando em como seria usar o hipercubo neste contexto. Acho que o hipercubo me daria os valores dos parâmetros das pdfs, faz sentido depois para as análises do hipercubo, @andrechalom ?

Sobre as reproduções sexuadas...acho que seriam subcategorias dentro de cada tipo que estariam relacionadas com algumas taxas específicas e com o reconhecimento entre indivíduos e a reprodução, mas acho que realmente é outro todo.

[CamilaMandai]

Bom, desencanei de ter variação individual dentro de um mesmo tipo (espécie) e sortear os valores de uma distribuição, por ora.
Modifiquei o código no meu "branch" para ter várias espécies, cada uma com suas taxas demográficas e com efeitos de interacao interespecíficos. Assim, todas as taxas demográficas são repassadas ao construtor da paisagem como vetores (assim como o parâmetro "scape"). Adicionei uma propriedade à paisagem: o número de espécies. Para o caso de uma só população, S=1. Para os indivíduos adicionei uma propriedade privada a mais que é o vetor de coeficientes de interação (a linha correspondente à espécie a qual o indivíduo pertence na matriz de interacao, que entra como um vetor no construtor da paisagem, ou seja o efeito percapita de cada espécies sobre o indivíduos em questão). Vou fazer uns testes para checar os valores finais com as previsões analíticas e aviso quando tiver alguma coisa. Tentei não desrespeitar as posições hierárquicas, mas se alguém achar que dá para fazer diferente, blz!!

[piklprado]

Gente, estou no caótico fim de semestre. Acompanho a discussão mas só conseguirei dar algum pitaco do dia 20/12 pra frente. Toquem adiante que entro no contexto.