brouillon.txt

REMARQUES POUR MOI:
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* Vais devoir retrouver cette fonction que j'avais codée pendant les exo de py,
qui permet d'extraire les coord des C-alpha d'un PDB

* En fait, dans OPM, les PDB ont des coord transformees, pour que:
_ La normale à la mb (calculee) coincide avec l'axe Z
_ L'origine des coord correspond au milieu de la mb
=> Servira de ref pour tester notre algo en fait ?
=> Suffit de mesurer l'écart entre l'axe Z d'OPM et le nôtre

_ Qu'est-ce qu'il entend par "hydrophobocité relative" dans l'ennoncé du projet?
Relative par rapport à quoi exactement?

_ Faudra transformer les coordonnées du pdb d'origine, nan? Pour que l'origine 
du repère devienne le centre de masse


DEMARCHE:
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* D'abord, "investigate" la proteine et le type de chaines.
Omet les prot virales et de pilus, tout comme les entrees d'acides nucleiques,
ou celles contenant moins de 15 aa.

* Les structures de faible resolution, par exemple avec seulement les C-alpha ou le
squelette sont traitees separemment (voir plus tard)

* Ensuite y a une étape où ils utilisent BIOMOLECULE, je sais pas bien pourquoi

* Puis on calcule la surface accessible au solvant de chaque aa avec NACCESS
(dans l'article, c'est pas tout à fait formulé comme ça)

* Ensuite, le coeur de l'algo, ca a l'air d'etre un truc de recherche de la
position la plus probable du plan de la mb (relativement aux coord donnees), par 
cacul la fitness de la localisation de cette mb, via "an objective function"

* Cette "objective function", donne une "Q-value", qui a une composante
structurale et une composante d'hydrophobicité. Elle permet de faire la classif
On cherche le vecteur normal à la membrane
=> Nous on va se contenter de calculer l'hydrophobicité relative


FONCTIONS A CODER:
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* Cacul du centre de masse de la prot (servira de point de depart pour la
recherche du plan de mb optimal)
=> Sera l'origine du repère

* Definition des droites, passant par le centre de masse et qui doivent
parcourir l'espace dans les 3 directions.
=> Comment faire pour disposer des droites dans l'espace et déterminer leurs
équations? Y a 2 pas (un entre les droites sur un même plan et entre les plans)

* Definition et deplacement de la tranche de 1A
=> Quelles sont ses dim exactement? Forme de pavé droit? De cylindre? De triangle?
=> C'est pas vraiment un deplacement, c'est plus un decoupage de la prot en un
certain nombre de tranche d'epaisseur 1A

* Faudra coder une fonction qui, à partir des coord (x;y;z) d'un point, va
déterminer les coord de la tranche associée

* Aussi une fonction qui, à partir des coord de la tranche, va regarder quels
aa sont dedans, pour pouvoir calculer l'hydrophobicité relative de la tranche 
=> Ca sera surement une fonction qui calcule la dist d'un point à un plan 
(tangeant à la sphère)
=> Un point situé entre les 2 plans (parallèles), sera à une dist inférieure à 
1A de chacun des plans en principes


COORD POLAIRE SPHERIQUES:
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* On a un système avec r (= le rayon), theta (angle entre x et y) et phi (angle
entre z et la projection du point sur le plan xy)

* Formules:
x = r * sin(phi) * cos(theta)
y = r * sin(phi) * sin(theta)
z = r * cos(theta)

* Je vais faire une boule de révolution:
1) Définir un disque, qui correspond à plusieurs vecteurs répartis régulièrement 
dans un même plan (theta = 0 ?)
2) Faire tourner ce disque, en faisant varier theta entre 0 et pi
3) Calculer à chaque fois les coord des points, délimitant la tranche
4) Calculer l'hydrophobité relative de toutes les tranches
=> Ca fera une matrice carrée, où chaque coeff sera une valeur d'hydrophobicité
relative 
5) Faut faire ça à chaque étape en fait, en augmentant le rayon de la sphère de 
révol de 1A, puis faire la moyenne de toutes les matrices


PLAN TANGEANT A UNE SPHERE:
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Effectivement, si M(a,b,c) est sur la sphère, le vecteur OM sera normal au plan 
tangent (T).
Pour tout point P(x,y,z) de (T), on a donc les vecteurs OM et MP qui sont 
orthogonaux.

Alors leur produit scalaire vaut 0. Cela donne :

a(x-a) + b(y-b) + c(z-c) = 0

En développant: ax + by + cz = a² + b² + c²

Or, M étant sur la sphère de rayon R: a² + b² + c² = R²

Finalement : (T) a pour équation ax + by +cz = R²
Ou encore: ax + by +cz - R² = 0